Sekolah Tinggi Agama Islam Sunan Pandanaran (STAISPA) merupakan sebuah lembaga/institusi perguruan tinggi di bawah Yayasan Pondok Pesantren Sunan Pandanaran (PPSPA) dimana PPSPA merupakan salah satu pesantren di Yogyakarta yang terus berkembang sejak berdiri pada tahun 1975.

Selain mengelola pendidikan huffadz dan mengembangkan berbagai kegiatan keagamaan, PPSPA juga menyelenggarakan program pendidikan/lembaga seperti: Program Tahfidz Al-Qur’an, Pendidikan Anak Usia Dini (PAUD) Sunan Pandanaran, Raudlatul Athfal (RA) Sunan Pandanaran,Madrasah Ibtidaiyah (MI) Sunan Pandanaran, Madrasah Tsanawiyah (MTs) Sunan Pandanaran, Madrasah Aliyah (MA) Sunan Pandanaran, Universitas Terbuka (UT) Pokjar Sunan Pandanaran, Program Santri Mandiri, Pesantren Mahasiswa dan Mahasiswi, Majelis Ta’lim Al-Jauharoh, Yayasan Bimbingan Haji (YBH) Sunan Pandanaran, BMT Sunan Pandanaran, Jam’iyyah Muballighin Sunan Pandanaran (Jamuspa).

Adapun beberapa pesantren cabang di bawah Yayasan PP. Sunan Pandanaran adalah: PP. Al-Jauhar, Semin, Gunung Kidul (yang membuka RA. Al-Jauhar, MI. Al-Jauhar, MTs. Al-Jauhar, MA. AlJauhar). PP. Hajar Aswad, Ngawen, Gunung Kidul, PP. Al-Baedlowi, Godekan, Srandakan, Bantul, (membuka Taman Pendidikan Al-Qur’an (TPA), Program Tahfidz al-Qur’an Putra), Komplek Darurriyadloh, Bayat, Klaten, Jawa Tengah (Program Tahfidz al-Qur’an Putri).

PPSPA berpedoman pada paham Ahlus Sunnah wal Jama’ah yang mengedepankan sikap tawassuth (moderat), tasamuh (toleran), tawazun (egaliter), dan i’tidal (lurus/konsisten). Guna melaksanakan pendidikan agama yang berkesinambungan dan terintegrasi dalam menyikapi kebutuhan yang kian dirasakan oleh alumni pesantren dan masyarakat luas pada umumnya mengenai tersedianya pendidikan tinggi yang berkualitas, memiliki keberpihakan pada transformasi sosial yang ber-akhlaqul karimah, serta dengan biaya yang terjangkau, maka PPSPA mulai tahun ajaran 2012/2013 membuka Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Sunan Pandanaran. Pendirian STAI Sunan Pandanaran telah mendapatkan ijin resmi dari Dirjen Pendidikan Kementrian Agama RI melalui SK No. DJ.I/149/2012. Pengelolaan STAI Sunan Pandanaran, dengan dukungan dan dari doa masyarakat luas, berupaya dan berharap STAI Sunan Pandanaran menjadi salah satu center of excellent pendidikan tinggi dalam bidang studi Islam dari lingkungan pesantren Indonesia.

STAISPA memiliki program studi jenjang Strata 1 yang terdiri dari lima program studi yakni, Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir, Ilmu Tasawuf, Komunikasi dan Penyiaran Islam, Pendidikan Guru Madrasarah Ibtidaiyah, dan Pendidikan bahasa Arab. Sejak didirikan, minat dan kepercayaan masyarakat untuk melanjutkan pendidikan di STAISPA semakin meningkat, terbukti dari jumlah mahasiswa yang masuk semakin banyak. STAISPA memiliki beberapa lembaga penunjang kualitas pendidikan seperti Pusat Studi Bahasa dan Turots yang bertanggung jawab dalam terhadap peningkatan kualitas bahasa dan penguasaan kitab kuning mahasiswa, Lembaga Penelitian dan Pengembangan yang berfokus pada pengembangan penelitian di lingkungan STAISPA. Selain itu, Lembaga Pengembangan dan Pengabdian Masyarakat yang bertanggungjawab dalam pengembangan dan pengembangan masyarakat bagi mahasiswa, dosen, maupun tenaga kependidikan.